В началото на месец юни 2012 г. започнаха археологически проучвания на късноантичната и средновековна крепост Агатополис. Те са в рамките на проект "Виа Понтика" и имат за цел да бъдат проследени останките от античната и средновековна стена, която в периода VІ-ХV в. е ограждала площ от около 6 дка в североизточната част на днешния Ахтопол. Поради активното съвременно строителство много от руините се намират в частни парцели, изцяло са покрити от уличната инфраструктура или са на трудно достъпни участъци, като този над пристанището на града. Това предопредели и начина на проучване, като се работи основно в два сектора: по трасетата на югозападната и южната крепостни стени.
Независимо от това, че крепостната стена е многократно събаряна, застроявана, заравнявана, нейната линия се проследява по цялата брегова линия на полуострова. Това е и една от основните задачи на археологическия екип, който се ръководи от доц.д-р Бони Петрунова и нейните заместници гл.ас.д-р Андрей Аладжов и Елена Василева. Проучваните сектори, дори на този етап дават възможност да се направи една предварителна идейна реконструкция.
При проучването на общински терен на ул. Х. Ботев, който е изследван и публикуван от Цоня Дражева през 2006-2007 г. е уточнена и прецизирана стратиграфията на античния и средновековен град. Най-вероятно късноантичната стена е издигната през V в., а през средновековието е допълнително удебелена отвън, така че общата й ширина е средно 3.50 м.
Най-много са материалите от ХVІ-ХVІІ, Възраждането и съвременността. Тези разбъркани насипи изключително много затрудняват археологическото проучване. Независимо от това се потвърждава историческата информация, че през ІХ в. Агатопол е привлекателно укрепление за амбициите на българските канове и важен религиозен център за византийската империя. Открити са фрагменти керамика от периода на ранното средновековие, които свързват проучванията с историческите извори, както и с факта, че на една от колоните в Плиска, Агатопол е спомената като покорена крепост. Тази малка перла във византийската корона е включена специално в клаузите на 30 годишния мирен договор подписан между Византия и България по времето на Омуртаг (815 г.). Така тя остава в пределите на българската държава до 971 г.
Много добри резултати дава и проучването на фрагментите от крепостната стена по южния бряг на полуострова. Спорна е хипотезата, че истинското разрушаване на крепостта става в резултат не на османското нашествие, а на земетресение. Амбицията на археологическия екип е да се заснемат основите на разрушената крепостна стена и тя да бъде възстановена в по-голямата й южна и югозападна част.